
Grote spoilers hieronder!
Aan het einde van Peter Jacksons epische monsteravonturenfilm uit 2005, Koning Kong , valt de gelijknamige aap van het Empire State Building en sterft hij na een gevecht met enkele gevechtspiloten te hebben verloren. Carl Denham van Jack Black staat naast zijn gigantische lijk op het trottoir beneden en zegt morbide: 'Het waren niet de vliegtuigen. Het was Schoonheid die het Beest doodde.' Het is een tragisch einde voor de enorme primaat die er nooit om vraagt om naar New York City te worden gesleept en er een freakshow van te maken, en het speelt zich op dezelfde manier af sinds zijn eerste verschijning op het witte doek in 1933. Gelukkig is Kong in Kong: Schedeleiland krijgt een betere deal.
Regisseur Jordan Vogt-Roberts' versie van het verhaal laat wijselijk het 'laten we King Kong naar NYC brengen'-plot achterwege en kiest ervoor om wat dieper in Kongs rol op het eiland te graven. Wetenschapper Bill Randa (John Goodman) is lid van de uiterst geheime overheidsorganisatie Project Monarch en besluit een groep mensen bijeen te roepen om hem te vergezellen op een expeditie naar het mysterieuze en onbekende Skull Island in de Stille Zuidzee in 1973. Hij rekruteert het Sky Devils-helikoptersquadron onder leiding van luitenant-kolonel Preston Packard (Samuel L. Jackson) en spoorzoeker James Conrad (Tom Hiddleston) en oorlogsfotograaf Mason Weaver (Brie Larson). Het duurt niet lang voordat Kong uit de jungle opduikt en helikopters vol soldaten uit de lucht begint te schieten, wat onmiddellijk een heleboel mensen doodt, maar er blijft een kerngroep van overlevenden achter die moeten proberen het eiland binnen drie dagen over te steken voor hun geplande pick-up.

Terwijl de groep wanhopig probeert te overleven, komen ze Hank Marlow (John C. Reilly) tegen, een Amerikaanse piloot die dertig jaar eerder op het eiland strandde nadat zijn vliegtuig uit de Tweede Wereldoorlog was neergestort. Hij overleefde door in de gunst te komen bij de inheemse bevolking van het eiland, die Kong aanbidden als een God omdat hij hen, en de rest van het eiland, beschermt tegen reptielachtige monsters ('Skullcrawlers') die ondergronds leven. Het enige dat de leider van de Skullcrawlers, 'de Grote', ervan weerhoudt op te staan en alles te vernietigen, is het bestaan van Kong. Het grootste deel van de groep is het ermee eens dat Kong, hoewel angstaanjagend, noodzakelijk is, en dat zij degenen zijn die inbreuk maken op zijn territorium. Desondanks is Packard, woedend dat de kolossale aap de levens van zijn soldaten heeft gekost en wanhopig op zoek naar een laatste missie om zijn leven betekenis te geven, vastbesloten Kong te vermoorden.
Packard zet een val met explosieven op om Kong op te blazen, maar Marlow, Weaver en Conrad haasten zich om hem tegen te houden. Helaas verwondt de val Kong, en de Alpha Skullcrawler wordt wakker. Nadat Kong Packard heeft vermoord met een knakkende vuist, verdedigt hij de rest van de mensen en zijn eiland tegen de Alpha Skullcrawler. Met een beetje hulp van een krachtig machinegeweer kan Kong het monster verslaan en laat hij de mensen die in de expeditie zijn achtergebleven zijn eiland in vrede verlaten. Ook al sterft hij niet in Kong: Schedeleiland , onthult een postcreditscène dat er een vervolg in de maak is waarin Kong het zal opnemen tegen Godzilla. Zal hij het einde van die film halen, net als in 1962? Koning Kong vs. Godzilla ? Om daar meer over te weten te komen, zullen we tot 2020 moeten wachten.