
Waarschuwing: grote spoilers voor 13 redenen waarom seizoen twee hieronder!
Het grote mysterie van 13 redenen waarom 's eerste seizoen draaide vooral om één ding: wie is verantwoordelijk voor de zelfmoord van Hannah Baker? Zoals we uiteindelijk in de laatste handvol afleveringen te weten komen, werden de daden die haar uiteindelijk over de rand duwden, verkracht door de populaire jock Bryce Walker en het falen van schooladviseur, de heer Porter om haar te helpen nadat ze contact had opgenomen. Omdat het verhaal van seizoen twee niet de hulp heeft van Hannah's dertien banden uit seizoen twee, probeert het Netflix-drama een reeks nieuwe mysteries te bedenken die we in de loop van de nieuwe afleveringen kunnen ontrafelen.
Het tweede seizoen begint vijf maanden na de dood van Hannah en brengt ons midden in de rechtszaak tussen Hannah's ouders en het schooldistrict. Hoewel de vraag wie de juridische strijd zal winnen zeker een soort mysterie is, beginnen er onheilspellende dingen achter te blijven in de kluisjes, huizen en kantoren van de hoofdpersonen: briefjes waarin mensen worden bedreigd om niet te getuigen en grafische polaroids die waarschuwen dat 'Hannah niet de enige was.'
De dreigbriefjes zijn veruit het schadelijkst. Iedereen die in het proces gaat getuigen, krijgt op een gegeven moment een huiveringwekkende dreiging, variërend van foto's vol met berichten als 'Jij praat, jij sterft' tot bloedige lijken van dieren en wapens die in brievenbussen verschijnen. Hannah's moeder, Olivia, ziet zelfs haar drogisterij volledig verwoest door grove graffiti en ingegooide ramen, en Clay sterft bijna als de onbekende persoon hem van de weg af rijdt en in een greppel rijdt.
Dus wie is de verantwoordelijke persoon? Montgomery 'Monty' de la Cruz.

We ontdekken in de laatste twee afleveringen dat Monty, een populaire honkbalspeler en Bryce's BFF, degene is die rondsluipt en dingen steelt, eigendommen vernielt en doodsbedreigingen uit. Alex is degene die alles in elkaar zet. Tegen het einde van het seizoen begint Alex' geheugen eindelijk terug te komen na zijn zelfmoordpoging. Hij vraagt zich het grootste deel van seizoen twee af waarom hij besloot zichzelf door het hoofd te schieten - in zijn afscheidsbrief stond 'Ik had het kunnen stoppen' - en uiteindelijk kwam hij erachter dat hij en Monty hoorden dat Hannah werd verkracht op de avond van Bryce's feest. Uit een flashback blijkt dat ze, in plaats van naar buiten te gaan om te helpen, haar noodkreten negeerden en videogames bleven spelen. Dat is waarom Monty niet wil dat iemand gevoelige informatie lekt tijdens het proces.
Zach, Clay, Alex en Justin confronteren Monty ermee, en later wordt hij door de politie ondervraagd vanwege zijn gedrag. Er is helaas geen woord over of hij wel of niet zal worden gearresteerd of gevangenisstraf zal krijgen. Er is ook onthuld dat een van de bedreigingen die Jessica ontvangt - foto's die op een whiteboard in haar klas zijn geplakt en haar een 'dronken slet' noemen - feitelijk het brein is van Chloe, de vriendin van Bryce (ze wilde niet dat haar vriend tijdens het proces in de problemen zou komen).
En wat betreft die polaroids? Het blijkt dat Zach degene is geweest die ze de hele tijd in Clay's rugzak heeft gestopt. Hij vertelt Clay dat hij altijd een te lafaard is geweest om het juiste te doen, dus hij hoopte dat Clay het lef zou hebben. De grafische beelden, waarop te zien is dat Bryce onbewuste vrouwelijke klasgenoten (waaronder Chloe, FYI) seksueel misbruikt, lijken de sleutel te zullen zijn om de serieverkrachter voorgoed op te sluiten. Maar in de finale van seizoen twee krijgt Jessica's nieuwe vriendin en mede-verkrachtingsoverlevende Nina de doos met polaroids in handen en verbrandt ze een voor een.
Het tweede seizoen laat nog steeds een kavel hangt in de lucht, maar nu er geruchten de ronde doen over een derde seizoen, kun je er zeker van zijn dat Netflix volgend jaar terug zal zijn met meer afleveringen en een nieuw mysterie.